Ri-ciao Mary
la cosa peggiore per l'apparato radicale di qualsiasi pianta è lasciarlo senza ossigenazione: quando le radici sono immerse nell'acqua per lungo tempo accade questo, e le radici marciscono.
Tu dici che la tua phal sta bene, e ti auguro che davvero sia così; però fossi in te la svaserei immediatamente e controllerei che le radici siano a posto, belle chiare e sode. Se sono così, puoi rinvasare in bark nuovo; altrimenti devi tagliare e disinfettare le parti marce, dare un antifungino e poi rinvasare.
Per ora non ti preoccupare dello stelo, quello probabilmente finirà di ingiallire e poi lo potrai tagliare. Ti consiglio di guardare nella sezione "coltivare" di questo sito dovi potrai trovare molte nozioni di base, poi tutti gli amici del forum potranno aiutarti per ulteriori dubbi.
Vedrai che riuscirai a farla rifiorire, non è complicato, ma non subito